Durante uns trezentos anos depois da revolução científica, julgava-se que o cristianismo e a ciência fossem de todo compatíveis e mutuamente apoiadores. Muitos cientistas eram cristãos, e as pessoas conheciam um pároco que, nas horas vagas, colecionava espécimes biológicos. As complexidades atordoantes da natureza reveladas pela ciência não eram temidas como desafio à crença em Deus, mas saudadas como confirmação da sua sabedoria e desígnio. Estudiosos tão diversos quanto Copérnico, Kepler, Newton, Boyle, Galileu, Harvey e Ray sentiam-se chamados para usar seus talentos científicos em louvor a Deus e a serviço da humanidade. A aplicação da ciência na medicina e tecnologia estava justificada como meio de inverter os efeitos da queda, aliviando o sofrimento e o enfado.
As tendências de secularização ameaçavam a harmonia entre a ciência e a religião, mas seu colapso final ocorreu de forma repentina em fins do século XIX, quando Charles Darwin publicou a teoria da evolução. O darwinismo era, de modo implacável, naturalista, explicando a origem e o desenvolvimento da vida através de causas estritamente naturais. Era (como vimos no Capítulo 3) a peça do quebra-cabeça que faltava para completar o quadro naturalista da realidade. Foi quando os historiadores passaram a tramar imagens de 'guerra' entre a ciência e a religião, sobretudo os que esperavam que o vencedor do conflito fosse a ciência.